История больницы берет свое начало в 1879 году, когда она и была построена на средства, собранные по подписке владельцами кирпичных и лесопильных заводов в поселке Усть-Ижора под г. Санкт-Петербургом. В 1880 году земская больница стала центром всего Усть-Ижорского участка и стала одним из наиболее крупных лечебных учреждений петербургской губернии, в ней числилось 50 коек.
В тяжелейших условиях блокады Ленинграда и опасной близости фронта больница продолжала работать, обслуживая гражданское население, и приняла в свой состав военный госпиталь.
В 1971 году началась коренная реконструкция , в результате которой на берегу Невы возникло современное медицинское учреждение, оснащенное новейшим оборудованием. Больница стала Школой передового опыта по организации медицинской помощи больным с инфекционной патологией для всей России.
В 1988-89 годах в России произошла трагедия - более 270 детей были инфицированы в медицинских учреждениях вирусом иммунодефицита человека. Это событие взволновало всю страну. Министерство здравоохранения России приняло решение о создании на базе Ленинградской областной инфекционной больницы Республиканской клинической инфекционной больницы, выполняющей функции клинического детского центра СПИДа. Были учтены возможности и научный потенциал больницы.
Основной задачей Центра стало оказание помощи детям с ВИЧ-инфекцией.
Сюда стали поступать ВИЧ-инфицированные дети со всей России, поскольку только здесь они могли получить профессиональную медицинскую помощь, пройти обследование на самом современном оборудовании.
В связи с изменением эпидемиологической ситуации в стране, основную часть пациентов в настоящее время составляют дети с перинатальным путем заражения. Более 300 ВИЧ-инфицированных детей на базе больницы получают противовирусную комбинированную терапию.
