История больницы насчитывает более 100 лет. Точная дата основания инфекционной больницы неизвестна.
Больница расположена в нескольких приспособленных зданиях, в которых ранее размещался постоялый двор.
В помещении бывшей конюшни находится прачечная больницы, в которой проведен капитальный ремонт с реконструкцией.
Одно из клинических отделений расположено в бывшем купеческом доме, принадлежавшем братьям Цикуновым.
Больница была рассчитана на 249 коек, но во время Великой Отечественной войны в ней находилось на лечении до 305 больных. В основном, это были больные с брюшным и сыпным тифом, дифтерией, скарлатиной.
С 1958 года по 1975 год в больнице произошли большие преобразования: были построены пищеблок, приёмное отделение, мельцеровские боксы для изоляции и лечения больных с особоопасными инфекциями, проведен капитальный ремонт детского инфекционного отделения.
За время своего существования неоднократно менялись названия больницы:
- 1-я Советская больница,
- 2-я городская больница,
- городская инфекционная больница,
- с 2001 года - Муниципальное учреждение здравоохранения "Специализированная инфекционная больница".
с декабря 2011г.-муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения "Специализированная инфекционная больница"
С 1979 года по 1988 год инфекционная больница работала в составе Больницы скорой медицинской помощи (БСМП).
С 1988 года инфекционная больница вновь выделена в самостоятельное учреждение.
В состав МБУЗ «Специализированная инфекционная больница» входит бактериологическая лаборатория, которая оказывает услуги не только больным стационара, но и всем ЛПУ г. Новочеркасска, входящим в систему ОМС.
В последние годы проведена полная реконструкция мельцеровских боксов.
В настоящее время инфекционная больница продолжает выполнять свои функции по борьбе с инфекционными заболеваниями и лечению инфекционных больных, взрослых и детей, обслуживая весь город, а также прилегающие сельские районы.